Não é aconselhável dar medicação humana, mas se não o fizer, o leite da mãe bebé serve. Os sintomas da maioria das gastroenterite em cães incluem diminuição do estado mental, diminuição do apetite ou mesmo eliminação, vómitos e diarreia, e dependendo da causa, são normalmente administrados diferentes medicamentos ao cão. A maioria das gastroenterite requer medicamentos anti-inflamatórios, tais como penicilina ou cefalosporinas. A reparação da mucosa gastrointestinal e a inibição ácida podem ser tratadas com inibidores da bomba ou bloqueadores dos receptores H2. Em casos de diminuição da motilidade gastrointestinal ou obstrução intestinal, os medicamentos para promover a motilidade gastrointestinal também são normalmente necessários. Para a diarreia, são normalmente necessários medicamentos antidiarreicos. Se a diarreia for causada por um vírus, é também necessária medicação antiviral adicional. A gastroenterite parasitária requer normalmente desparasitação, e a gastroenterite de corpo estranho requer normalmente cirurgia.
