Em primeiro lugar, a diarreia infecciosa causada por microrganismos tais como vírus e bactérias, ou parasitas, é referida colectivamente como diarreia infecciosa. A diarreia infecciosa clinicamente comum inclui infecção por microvírus, infecção por coronavírus, infecção por Escherichia coli, infecção por Salmonella, bem como infecção por Giardia lamblia e infecção por Trichomonas fetus. Em segundo lugar, a diarreia endógena, existem várias doenças internas que causam diarreia, colectivamente conhecidas como diarreia endógena. As doenças comuns incluem pancreatite, alergias digestivas, intolerância alimentar digestiva, atraso na extremidade posterior do intestino e diarreia causada por reabsorção deficiente de água no cólon. Em terceiro lugar, perturbações, tais como inactivação de probióticos intestinais, perturbações na flora intestinal, utilização inadequada de antibióticos e distúrbios hormonais, podem todas causar diarreia desordenada.
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