A microcefalia canina infecta principalmente cães, especialmente cachorros, e é extremamente contagiosa. O cão doente é a principal fonte de infecção, com grandes quantidades de vírus no seu vómito, saliva e secreções fecais. Os cães recuperados ainda podem excretar o vírus através das suas fezes durante longos períodos de tempo. Os cães saudáveis podem ser infectados através do contacto directo com um cão doente ou infectado, ou através do tracto digestivo através de alimentos e água contaminados, ou através dos órgãos reprodutores de um cão saudável acasalado com um cão de gelo afectado.
