Quando um Samoyed come, o resíduo alimentar permanece entre os dentes, causando um certo odor na boca. Se os resíduos não forem limpos com o tempo, o cão é propenso à doença periodontal, que liberta substâncias que contêm enxofre, a fonte do odor. Quando o Samoyed é deixado em casa durante muito tempo, é incapaz de expulsar o excesso de fluido da glândula anal devido à falta de exercício e à redução da força muscular nas pernas, causando a acumulação das glândulas anais e provocando bloqueios e inchaço. Isto resulta num cheiro desagradável. Os Samoyeds que são propensos a ácaros ou inflamação das orelhas e têm comichão nas orelhas são também conhecidos por produzirem um cheiro desagradável. Um limpador de ouvidos pode ser utilizado diariamente para limpar a cera do ouvido do Samoyed e reduzir o odor. Outra fonte de odor corporal é o gás do estômago, como indigestão e baço e desarmonia estomacal, o que pode levar a mau hálito no Samoyed.
