As desvantagens do Border Collie incluem ser excessivamente inteligente, pelo que por vezes o Border Collie prega partidas ao seu dono e fá-lo sentir-se muito enérgico quando está com eles todos os dias, mas muitos donos ainda têm a sensação de que “as pessoas são piores do que os cães”. As desvantagens do Border Collie incluem o seu elevado nível energético. O Border Collie é, afinal, um cão pastor, por isso é muito energético e tem uma grande necessidade de exercício. Assim, sempre que o proprietário o leva a fazer exercício, ele pode estar cansado e nem sequer se sentirá cansado. Portanto, é melhor levar o Border Collie durante uma hora a correr para queimar a sua energia. As desvantagens do Border Collie incluem o grave derrame O Border Collie armazena tanto como o Golden, ambos muito mal derramados, pelo que os proprietários do Border Collie devem estar preparados. No entanto, o desprendimento pode ser melhorado penteando o seu pêlo todos os dias, e escolhendo um alimento de cão com baixo teor de sal para reduzir o desprendimento. As desvantagens do Border Collie incluem o facto de os huskies serem muito bons a destruir casas, mas o Border Collie não é menos bom a destruir casas. A razão para isto é porque ele não consegue tirar a sua energia, por isso não se surpreenda se um dia ele voltar para casa e encontrar a casa numa confusão – é na verdade uma surpresa do Border Collie. As fraquezas do Border Collie incluem ser tímido e medroso O Border Collie não é pequeno, mas é inesperadamente tímido e medroso. Embora possam parecer que são uma grande coisa no seu próprio território, quase metade deles experimentaram incontinência depois de terem sido assustados. E por vezes até têm medo de cães mais pequenos do que eles próprios.
