A desvantagem do Border Collie é que o Border Collie é um tipo de cão pastor com muita energia e muito exercício. Se o Border Collie for mantido, é importante que o proprietário tenha tempo e espaço suficiente para libertar a sua energia. Se o excesso de energia não puder ser libertado, é provável que o cão o retire arrancando a casa. A desvantagem do Border Collie é que tem um pêlo comprido e cães de pêlo comprido mal desprendidos, diariamente. Precisa de ser preparado pelo seu proprietário e deve ser dada especial atenção à sua dieta. Alimentar regularmente o Border Collie com uma dieta rica em óleo e sal pode facilmente levar a um pêlo áspero e a um forte desprendimento.
A desvantagem do Border Collie é que é um cão de pêlo longo e um cão médio a grande, pelo que pode ser difícil cuidar dele. Tratá-lo todos os dias e dar-lhe banho de cada vez pode ser devastador para os proprietários. Por isso é aconselhável que algumas pessoas que querem criar um Border Collie pensem cuidadosamente antes de o fazerem, para que não se arrependam depois. O lado negativo do Border Collie é que não dá ouvidos ao seu dono. O Border Collie tem um QI elevado e é muito inteligente, por isso por vezes tem uma forte personalidade de ego. Pode facilmente desobedecer ao seu dono e gosta de lutar com ele. É por isso que pode ser um pouco mais difícil de treinar. Ao treinar, o proprietário deve ser mais duro, para que saiba quem é o mestre, e também com alguns petiscos de dentição, para que o treino seja relativamente fácil.
